本病多数应采用抗阿米巴药物治疗，甲硝唑是阿米巴病首选药物。继发化脓性的阿米巴脓胸可穿刺引流，甲硝唑反复冲洗胸腔;肺脓肿肝-支气管瘘、肝-胸膜支气管瘘、已造成肺组织永久性损害的慢性肺脓肿及脓胸后肺萎缩的患者，可手术切除病变肺段治疗。