肺部奴卡菌病应注意与各型肺结核、肺部真菌病、细菌性脓肿及肿瘤相鉴别。皮肤奴卡菌病需要与孢子丝菌病、皮肤结核和放线菌性足菌肿相鉴别。脑奴卡菌病应与脑部肿瘤、细菌性脑脓肿等脑占位性病变相鉴别。播散性奴卡菌病的鉴别诊断较复杂，关键在于警惕本病。