对小阴茎患者的治疗，应根据病因及具体情况决定治疗方案。

　　内分泌治疗：

　　（1）促性腺激素分泌不足性腺功能减退：最常用的治疗是用与FSH、LH有类似功能的HCG治疗。首次疗程即为HCG刺激试验，作为检查及治疗。若效果不明显，可用第2个疗程：每5天肌内注射1次500U的HCG，共3个月，疗程中间及完成后各复查1次。

　　对于下丘脑功能异常的患儿，用促性腺激素释放激素（如黄体生成素释放激素，LHRH）直接替代效果最好。为了获得理想效果，给药应类似下丘脑分泌促性腺激素释放激素生理性脉冲式释放，每2小时给增加量，每次25ng/kg，通过喷鼻或皮下注射给药。

　　（2）性腺功能异常：如单纯睾丸分泌睾酮异常，用睾酮替代疗法。可外用睾酮霜或肌内注射睾酮，每3周1次，每次25mg，共4次。治疗后阴茎、阴囊均可增长、有时有阴毛出现、有的病人可引起脊柱发育过快。

　　手术治疗：

　　对睾丸下降不全病人在内分泌治疗无效后尽早做睾丸固定术。

　　对于激素治疗无效，可能为雄激素受体异常的病人要考虑手术整形。坚持做男性的可用阴茎再造成形、阴茎假体放置等方法，但应用最多的还是变性手术。