黄体功能不全性不孕主要应与其他原因导致的不孕或自然流产等相鉴别。如输卵管堵塞导致的不孕，多伴有腹痛、白带异常，做输卵管通液检查可以明确诊断。另外怀孕后可能由于胚胎发育异常、病毒感染、环境因素、外伤等导致自然流产，应与黄体功能不足导致的自然流产相鉴别。