直肠放线菌可形成亚急性或慢性肛周脓肿、坐骨直肠窝脓肿或直肠旁脓肿。直肠周围病变多由腹内病变波及而来，表现为腹泻、便秘、里急后重或较稀带黄色颗粒的脓血便。由于肠道的真菌感染，可以造成局部抵抗力的下降，由此可以导致细菌感染形成感染性腹泻、甚至因此导致脓毒血症。