先天性并发症有内脏转位、脐尿管残存、脊椎裂及尿道下裂等。获得性并发症有肾盂肾炎、肾积水、肾积脓、结石、结核和肿瘤等，此类并发症约见于30%的病例。但一组34例非融合型交叉异位肾中，19例(57%)有各种不同的并发症，其中以并发感染最高，共11例(33%)，肿瘤3例(9.1%)。