吞咽困难是食管梅毒的最常见症状，多为无痛性，病程长、进展缓慢是其特点，这与食管癌不同。当病变进展时进食流质也可发生吞咽困难并伴有胸骨后压迫感，可因摄入不足致体重下降、脱水、贫血乃至恶病质。一旦树胶样肿导致气管(支气管)食管瘘则每于进食时发生呛咳。此外，也可出现食管炎和梗阻的其他症状。