尚未完全明了。多数学者认为，心包囊肿是在胚胎时期，胚胎头端及两旁中胚层侧板有些间隙出现，如果这些间隙中的一个未与其他间隙融合，而独立存在，即发育成心包囊肿。如果部分融合留有蒂与心包腔相通，则形成心包憩室。