有神经病变者需与其他原因如病毒感染、慢性铅、砷中毒等所致的神经炎或神经损害进行鉴别。有害物接触史、病毒感染史及实验生化检查有助鉴别。水肿者应与心、肝、肾性水肿进行鉴别，水肿同时伴有心力衰竭的湿性脚气病需仔细与其他类型的心脏病进行鉴别，当鉴别极度困难时，试验性的维生素B1治疗往往有助鉴别。维生素B1缺乏所致的水肿与蛋白质-热能营养不良性水肿的鉴别在于前者血浆蛋白正常，有关维生素B1实验检查异常，但临床上严重的蛋白质热能营养不良患者往往同时伴有1种或多种维生素缺乏，此时要严格区分是哪种营养素缺乏所致的水肿其意义已不大，但在治疗中则应充分考虑各种缺乏营养素的补充。临床应排除下列疾病如病毒性脑炎、脑膜炎、急性喉炎、手足搐搦症、急性中毒、破伤风、先天性心脏病等。