有很多疾病易与弗郎西丝菌肺炎相似，必须进行鉴别，如

　　①非细菌性肺炎：鹦鹉热，Q热，支原体肺炎，非细菌性肺炎白细胞计数正常或轻度升高，血沉快。血清学检查，病原学检查可以确诊。

　　②细菌性肺炎：鼠疫肺炎，肺结核;鼠疫肺炎，病因学检查痰中可发现双极着色的革兰阴性小杆菌。痰、血或淋巴结吸出物培养可阳性。直接荧光素标记抗体染色：此法是检测标本中的致病菌抗原，具有快速的特点，可作为病因诊断。肺结核一般通过胸部X线检查，痰中检查结核杆菌等等检查可以进行鉴别。

　　③全身深部真菌感染。