有很多疾病易与弗郎西丝菌肺炎相似，必须进行鉴别。如①非细菌性肺炎：鹦鹉热、Q热、支原体肺炎;②细菌性肺炎：鼠疫肺炎、肺结核;③全身深部真菌感染。