囊虫病症状具有多样性，皮下结节易误诊为痰核瘰疬，活体组织检查可以鉴别。脑囊虫病癫痫型应与其他原因所致的癫痫相鉴别。囊虫病患儿多同时有肠绦虫病或曾有绦虫病史，故检查是否有肠绦虫病感染对鉴别诊断有很大帮助。