本病需与细菌性肺炎，病毒性肺炎，真菌性肺炎，ARDS及淋巴细胞性间质性肺炎（LIP）相鉴别，其中尤以LIP与本病均易发生于AIDS患儿更难鉴别，但LIP多呈慢性，以咳及干罗音为主，有全身淋巴结增大及唾腺增大，可在肺活检标本中查出EBV-DNA1，而PCP不能查出。