组织病理表现为表皮角化过度，颗粒层楔形增厚，棘层不规则肥厚，基底细胞液化变性，真皮上部以淋巴细胞为主的带状浸润。不同亚型的扁平苔藓除上述改变外，还有各自的特征性改变。