至今尚无定论，有自身免疫，感染，神经精神因素，细胞因子的作用，家族遗传等学说，药物因素，内分泌异常，慢性病灶等因素也可诱发本病，有人发现扁平苔藓患者的皮肤内葡萄糖-6-磷酸脱氢酶(G-6-PD)结构上可能有异常，亦有人有相反意见，另外皮疹中的呼吸酶与辅酶有活性改变，这些异常是否为扁平苔藓的病因，尚未确定。