性心理障碍的病因有遗传学因素、后天因素、个体心理因素。1、遗传学因素:虽然目前还不清楚性心理障碍是由哪种基因导致的,但从统计学角度来说,性心理障碍具有一定的遗传性。如果家族内有性心理方面异常的人,就可能会导致家族内的其他人也有性心理障碍的倾向。2、后天因素:如果在儿童的生长环境内,父母对其寄予了异性期望,比如生了女孩,但却希望其成为男孩,或者生了男孩,却希望其成为女孩,并且从穿着打扮、生活习惯、说话语气语调上,都按照异性的方式进行培养,就可能会导致其在长大后,认同自己的异性身份。3、个体心理因素:如果患者认同自己的异性身份,就会从穿着打扮、交往方式上,以异性角色的身份,去跟其他异性进行交往,比如一个男孩,会将自己打扮成女孩,并愿意跟其他女孩一起相处,则在其长大后,就可能会出现明显的性心理障碍表现。