医院内感染多由革兰阴性杆菌所致，部分患者可并发肺化脓症、胸膜炎、败血症及感染中毒性休克，甚至并发呼吸循环衰竭。在长期卧床、胸腹部外科手术后、气管插管等患者，由于细菌感染后痰量较多，咳嗽反射减弱，容易发生痰液引流不畅，并发一侧肺不张。病毒感染时可引起心肌炎、脑炎、神经根炎及格林-巴利综合征等并发症。嗜肺军团菌肺炎常伴有严重低钠血症，部分患者并发急性肾功能衰竭、休克和DIC。