极少数情况下，肝脓肿可穿入心包，穿破腹壁，肠道阿米巴也可进入肛周，阴道，尿道等引起相应部位的脓肿或炎症，常见并发症有肠炎，阿米巴肿，阿米巴性阑尾炎等。