巨细胞病毒感染需要和其他病毒如EB病毒、腺病毒感染相鉴别。后两种病毒感染临床表现与巨细胞病毒感染有一定的差异性，如EBV感染可导致传染性单核细胞增多症，以小孩多见，也可以伴有心肌损伤，孕期感染也可以导致流产以及胎儿畸形，故应注意鉴别。各临床症候群应与相应的疾病进行鉴断，主要根据病史，流行病学资料、临床表现及实验室检查，且主要是以实验室检查依据作为判断的标准。