应与病毒性肺炎、细菌性肺炎及支原体肺炎相鉴别，当肺炎不能用细菌、病毒、支原体感染来解释，且用青霉素、头孢菌素治疗效果不佳时，应想到衣原体感染的可能。可进行衣原体抗原及血清学检查，尤其6个月以内小婴儿患无热性肺炎时，更应考虑到本病。