本病属于性传播疾病的一种特殊类型，应加强对年轻人的卫生知识特别是性知识的教育。高质量的产前护理包括生殖道衣原体感染的检测和治疗是成功预防新生儿感染的关键。有效的预防药物包括1%硝酸银、0.5%红霉素和2.5%聚硒吡酮碘。其中2.5%的聚硒吡酮碘点眼效果最好、毒性最小。