肠穿孔是本病的主要并发症，有15%～20%的十二指肠恶性淋巴瘤患者会发生肠穿孔，比其他恶性肿瘤发生率高。此多为肿瘤侵犯肠壁发生溃疡、肠坏死，或肿瘤继发感染而引致。急性穿孔可引起弥漫性腹膜炎，慢性穿孔可以引起炎性包块、脓肿、肠瘘等表现。