原发性肥大性骨关节病可并发关节积液，造成关节疼痛、肿胀无法行走。骨髓纤维化，可影响造血功能，导致贫血、白细胞减少、血小板减少等并发症。胃肠增生性病变及染色体异常等，继发性肥大性骨关节病可并发肺和胸膜疾病，心血管疾病和胸腔外疾病等。