肛门廔管在未接受根治手术治疗前，会反覆出现感染而化脓，或并发更严重肛门复杂之廔管。如果反覆的发作，廔管就可能像树枝一样分叉，造成多处的外开口，所以长久的瘘管常常造成治疗上的困难。由于楼管分泌物的刺激，特别是女性容易造成尿道和(或)阴道的感染。