Arnold-Chiari畸形常合并其他枕骨大孔区畸形和脊髓脊膜膨出缺陷，包括脊髓空洞症，颅骨脊椎融合畸形，基底凹陷症，蛛网膜粘连，硬脑膜束带，颈髓扭结，脑积水等；其他畸形包括多小脑回畸形，灰质异位，脊髓积水，中脑水管的胶质增生或分杈，四叠体beak-like畸形，颅顶骨内面凹陷，脊膜膨出，脊髓纵裂，第四脑室囊肿等。