贫血和呼吸道感染是食道重复畸形的常见并发症。管腔型食管囊肿长时间的慢性失血，是造成贫血的主要原因。而气管受压狭窄，分泌物不能及时排出、和酸性囊液对气管壁的腐蚀，则是引致呼吸道感染的重要因素。

1.轻者可无明显异常，肿物膨胀迅速者，在新生儿期就可出现呼吸困难、发绀等症状。

2.重复畸形内壁衬有胃黏膜者，囊壁受胃酸和消化酶作用，出现溃疡或糜烂，可产生囊内出血。