韦格内肉芽肿常累及上呼吸道、肺和肾，并侵犯全身各系统。本病主要的并发症是金黄色葡萄球菌感染。上呼吸道多早期受累，发生坏死性溃疡，肺内形成结节病源、实变和空洞。肾脏呈坏死性肾小球肾炎，导致肾功能衰竭。此外，眼、耳、皮肤、关节、肌肉、神经系统均可受累。