本病应与结核病、结节病、放线菌病、奴卡菌病及其他细菌性慢性肉芽肿病相鉴别。对来自流行区的患者，尤其是用抗结核治疗无效者，就要结合真菌检查和肺部检查等帮助确诊，对其他50%的肺外型患者，尤其是慢性皮肤肉芽肿，可结合病理及真菌检查，帮助确诊。