囊虫可单纯寄生在脑部，也可同时寄生在皮下、肌肉、眼、舌及心脏等处。故而可以有多系统的症状和体征表现。当病变接近运动中枢时可引起癫痫大发作或失神、幻视、局限性癫痫，弥漫性脑实质受累则可导致颅内压增高或器质性精神病，严重的可导致脑实质广泛破坏和皮质萎缩形成痴呆。严重可以导致死亡。