为查找病原菌，应根据实际情况从多方面采集标本：如排泄物、呕吐物、粪便剩余食物、用具等。临床上引起真菌食物中毒还需要和多种食物中毒常见病原体相鉴别，如：沙门氏菌、空肠弯曲菌、葡萄球菌副溶血性弧菌、蜡样芽胞杆菌、致病性大肠杆菌变形杆菌、肉毒梭菌、小肠结肠炎耶尔森菌等。如果在病人呕吐以及排泄物中找到真菌可以确诊本病。