主要症状为咽疼、吞咽疼和咽下困难。其症状的轻重与炎症发生的缓急和程度有关。可有厌食甚至呕血。婴儿常伴发鹅口疮，成年念珠菌性食管炎可以在没有念珠菌性口炎的情况下发生。