1.病原检查

　　可采用涂片检查法，取患者血液涂片染色镜检。当血中虫数多时，锥鞭毛体以细长型为主，血中虫数因宿主免疫反应减少时，则以粗短型居多。也可取淋巴液、脑脊液、骨髓穿刺液、淋巴结穿刺物等作涂片检查。

　　2.血清学诊断方法

　　常用酶联免疫吸附试验(ELISA)、间接荧光抗体试验和间接血凝试验等方法。

　　3.分子生物学方法

　　近年来将PCR及DNA探针技术应用于锥虫病诊断、特异性、敏感性均较高。此外，动物接种也是一种有用的检查方法。