出现脱水、酸中毒、休克和周围循环衰竭。新生儿感染性腹泻常与其他感染并存，或迁延不愈导致营养障碍及其他各种感染。常见的并发症有尿布皮炎、鹅口疮、泌尿道感染、中耳炎、肺炎、败血症、坏死性小肠结肠炎、营养不良、吸收不良、低钾血症、低钙低镁血症、多种维生素缺乏(包括维生素K)、贫血等。