脑分水岭梗死的病因目前不甚明了，以下因素可能与脑分水岭梗死有关，如发作性低血压、颈动脉狭窄或闭塞、血管微栓塞低氧血症、红细胞增多症、血小板功能异常等，尤其是发作性低血压颈动脉狭窄或闭塞和血管微栓塞更为重要，可能是主要致病因素。