肾盏憩室的病因仍不清楚，儿童和成年人发病率相似，提示为胚胎学病因。在胚胎早期一些输尿管的第3段及第4段分支形成，后又有序地退化，若其持续存在成为一个单独的分支则可能形成肾盏憩室。