鉴别诊断应考虑阿米巴痢疾、细菌性痢疾或其他原因引起的胃肠炎。以上腹部疼痛、肝大压痛、肝功能受损者则考虑胆囊炎、胆道感染和病毒性肝炎，反复查找蓝氏贾第鞭毛虫是鉴别的重要步骤。