有食管畸形和气管瘘者，多在出生后数天内出现呛咳、流涎及吸入性肺炎等症状。食管膈膜狭窄者，表现症状也较早。婴儿年龄越小，表现吸入性肺炎的症状也越明显，经常出现呼吸窘迫症状。由于喂奶或进食后发生食物反流，反流食物和唾液可进入气管，引起吸入性气管炎或肺炎。