胃结核应与胃溃疡、胃恶性肿瘤、胃Crohn病等鉴别。主要依据组织病理学和细菌学检查。应注意有些胃结核可与胃溃疡或胃癌同时存在。高度怀疑胃结核时可慎重考虑试验性抗结核治疗，如有效可证实诊断。如鉴别仍有困难且具备手术适应症时，手术探查既可明确诊断，又能进行治疗。