鹦鹉热衣原体肺炎应注意与肺炎衣原体、肺炎支原体、立克次体、嗜肺军团菌、某些病毒和真菌引起的肺炎相鉴别。如无明显肺部症状，应注意与全身发热性疾病鉴别。