主要并发症包括如囊肿破裂、出血及继发感染等。表皮样囊肿破裂后可导致急性腹膜炎或严重的肉芽肿性炎症，后者可能是由于囊内容中所含胆固醇和其他化学物质刺激而引起，临床上出现腹膜炎的症状和体征。囊肿块增大压迫和刺激邻近脏器时，才产生器官受压症状，以左上腹不适或隐痛最多见，有时亦可累及脐带周围或放射至右肩及左腰背部;如果压迫胃肠道，可有腹胀或消化不良、便秘等症状出现。