母乳性黄疸的病因迄今尚未完全清楚。近来多认为与新生儿胆红素代谢的肠肝循环增加有关。一般认为，新生儿小肠内的葡萄糖醛酸苷酶，含量多（经过检测确认），活性高。这种主要来源于母乳的酶，可催化结合胆红素变成未结合胆红素，此过程在新生儿小肠内进行，加上小儿肠蠕动相对慢，使大量应排泄的胆红素被这种酶解离成未结合胆红素，吸收增加，即出现母乳性黄疸。