嗜水气单胞菌胃肠炎多为自限性，一般不用抗生素。重症腹泻或有基础疾病者，或肠道外感染者可选用庆大霉素，或妥布霉素、磺胺甲?唑/甲氧苄啶(复方磺胺甲?唑)、诺氟沙星等药物治疗。对局灶感染应抽除脓液或切开排脓。