感染的病原体多为咽部的革兰阳性球菌和革兰阴性杆菌。在艾滋病病人中有报道与奴卡菌相关的食管溃疡形成。损伤所致的感染一般发生于损伤部位或附近，免疫功能下降者感染则多见于食管中、下段。感染可较局限，表现为一至数个小脓肿，也可呈较为广泛的蜂窝织炎，累及食管周围组织、纵隔或毗邻脏器而形成瘘管。