多数轻症病例预后良好，且不留后遗症，某些病例(特别是H5N1感染者)病情发展迅速，出现重症肺炎，急性呼吸窘迫综合征，肺出血，胸腔积液，全血细胞减少，多脏器功能衰竭，败血症，休克及Reye综合征等多种并发症，可导致死亡，1997年香港18例病人中有8例为轻度上呼吸道感染，4例出现重症肺炎，给予呼吸支持后最终痊愈，6例病人监护后仍死于各种并发症。