肺炎衣原体对四环素类、红霉素及氟喹诺酮类药物均极敏感，对磺胺耐药，故常用四环素或红霉素口服。亦可用多西环素。孕妇哺乳期妇女及儿童禁用四环素和喹诺酮类药物。儿童可用克拉霉素(克拉红霉素)有较好的疗效。部分病例停药后可复发，尤其是用红霉素治疗者，再用多西环素治疗仍有效。近年来发现新型大环内酯类抗生素的阿奇霉素，在体外药敏试验对肺炎衣原体呈高敏反应易进入细胞内，具高效和低胃肠道反应的优点。