青霉菌病需和曲霉病相鉴别。在组织内，青霉菌表现为分支分隔的菌丝，与曲霉相似，若在组织内发现曲霉菌分生孢子头或青霉菌帚状支，则可明显区别。取活组织进行分离培养在鉴别诊断上有重要意义。相对别的病症应该加以区别，变态反应性曲霉病会有畏寒、发热、乏力、刺激性咳嗽，伴明显哮喘。咯棕黄色脓痰，有时带血。病变部位可闻干、湿啰音等病症。