NTM肺病应与肺结核、支气管扩张、支原体肺炎、肺囊性纤维化、军团病、肺部真菌病及卡氏肺孢菌病等相鉴别，有赖PPD-NTM皮试及病原学检查。播散性NTM病应与败血症、伤寒、播散性真菌病、全身粟粒性结核等鉴别，主要依靠PPD-NTM皮试及病原学检查。