非结核分枝杆菌广泛存在于自然界的土壤，尘埃、水、鱼类和家禽中。传播途径主要从环境中获得感染。例如污水，而人与人之间的传染极少见。通常此类分枝杆菌对人类致病性较结核分枝杆菌低，但如果存在易感因素，使宿主局部或全身免疫功能发生障碍则可导致病变。