阿米巴结肠炎应与急，慢性肠炎，急，慢性菌痢，非特异性溃疡性结肠炎，结肠癌等相鉴别，最主要的是粪便检查和乙状结肠镜检查,还应与其他寄生虫引起的肠炎表现相鉴别。