不动杆菌肺炎与其他革兰阴性菌肺炎鉴别十分困难，除非临床表现有典型的铜绿假单胞菌或大肠杆菌感染的特征性痰液。如细菌培养中同时有其他革兰阴性菌生长，可能为混合感染。此时应根据细菌数量来判断是否并有不动杆菌感染。